Bei der Papierchromatografie wurde zunächst mit einem wasserlöslichen Filzstift ein Punkt auf ein spezielles Filterpapier aufgebracht. Anschließend wurde das Filterpapier so über einer Petrischale angebracht, dass berührungsfrei einige Tropfen Wasser als Lösungsmittel auf die aufgetragene Farbe gegeben werden konnten.
Die Flüssigkeit wird vom Papier aufgesogen, die Pigmente aus der Filzstiftfarbe werden dabei mittransportiert. Verschiedene Farben wandern unterschiedlich schnell durch das Papier. Dadurch wird die Filzstiftfarbe in ihre unterschiedlichen Bestandteile aufgetrennt .